Теория, согласно которой гомофобия — это результат латентной гомосексуальности, появилась в конце XX века. В 1996 году в университете Джорджии было проведено исследование, которое показало, что у некоторого количества мужчин, высказывавших гомофобные взгляды, проявляется латентная гомосексуальность. В исследовании участвовали 84 человека, из которых 35 позиционировали себя как гомофобы, и 29 не высказывали таких взглядов, остальные 20 были толерантны. Испытуемым показывали порнографию различного рода и измеряли уровень эрекции пениса в процессе её просмотра. При просмотре гетеросексуальной и лесбийской порнографии различий в реакции на неё между двумя группами почти не наблюдалось, но при просмотре гомосексуальной порнографии проявились резкие различия.
Согласно отчету исследователей, среди группы, которая не выражала гомофобных взглядов, лишь у 24 % испытуемых эрекция была заметной, в то время как среди гомофобной группы таких оказалось 54 %. Кроме того, эрекции почти совсем не возникало у 66 % негомофобной группы, в то время как в гомофобной группе таких было 20 %. Когда же испытуемым предложили самим оценить, насколько их возбудила гомосексуальная порнография, то большинство членов гомофобной группы значительно недооценили уровень своего возбуждения.